Memasuki serialisasi ketiga mereka, duo manga Moritaka Mashiro dan Akito Takagi—juga dikenal dengan nama pena mereka, Muto Ashirogi—semakin dekat dengan impian mereka untuk mengadaptasi anime. Namun, tantangan sesungguhnya baru saja dimulai: jika mereka tidak mampu bersaing dengan artis Eiji Niizuma dalam peringkat dalam rentang waktu enam bulan, mereka akan dibatalkan. Terlebih lagi, banyak saingan yang dekat dan menyatakan perang. Mereka bahkan tidak punya cukup waktu untuk berpikir tentang anime!
Di Bakuman. Musim ke-3, Muto Ashirogi harus menemukan cara untuk tetap berada di puncak gunung kolosal yang dikenal sebagai peringkat Shounen Jack. Dengan masalah baru dan asisten baru, pasangan ini terus berjuang mewujudkan impian mereka.
