Buddy Complex adalah sebuah anime dengan genre mecha dan science fiction yang dibuat oleh Sunrise. Cerita ini mengikuti kehidupan seorang remaja bernama Aoba Watase, yang tiba-tiba terlempar ke dalam konflik antara dua faksi militer di masa depan.
Aoba, awalnya seorang pelajar biasa, tiba-tiba terjebak dalam pertempuran antara Alvis Eksion, sebuah organisasi anti-pemerintah, dan Zogilia Republic, pemerintahan militer otoriter. Di tengah pertempuran, Aoba menemukan Buddy Complex System, teknologi yang memungkinkan pilot mecha untuk berbagi pengalaman dan keterampilan. Ia secara tak terduga berpasangan dengan seorang pilot berpengalaman dari masa depan bernama Dio, dan mereka membentuk ikatan kuat.