Pada zaman yang berbeda, di dunia yang paralel, ada sebuah ritual misterius yang dikenal sebagai “Fate/Apocrypha.” Ritual ini diadakan oleh Organisasi Penyihir yang kuat untuk mencari Katalis Suci yang akan memberikan kekuatan luar biasa kepada pemiliknya dan memenuhi keinginan mereka. Dalam cerita ini, ritual tersebut menyebabkan timbulnya dua faksi yang bersaing untuk menguasai Katalis Suci dan mengubah takdir dunia.
Kisah berawal di kota Fuyuki yang terisolasi di dunia lain. Di sana, keluarga penyihir Einzbern memulai ritual untuk mencari Katalis Suci seperti yang mereka lakukan di berbagai dunia. Namun, kali ini, sebuah peristiwa tak terduga terjadi. Saat ritual hampir mencapai puncaknya, cahaya yang menyilaukan menyala di langit, dan Katalis Suci yang bernama “Holy Grail” terbagi menjadi dua bagian yang sama kuat.
