Kei Narutani dan teman masa kecilnya, Song Minghua, adalah pengungsi Tiongkok yang melarikan diri dari Zai, sebuah organisasi misterius yang tanpa pandang bulu meneror negara dan rakyatnya. Untungnya, selama pelarian mereka ke Jepang, mereka diselamatkan oleh pesawat merah yang aneh.
Ketertarikan Kei dengan pesawat ini membuatnya bertemu dengan penyelamatnya: seorang gadis yang merupakan “Anima”—pilot pesawat jenis unik yang disebut “Putri”. Gadis itu pergi dengan Gripen, pesawat tempur JAS-39F yang menggemaskan. Kei mengembangkan ikatan dengan Gripen dan kemudian direkrut oleh Pasukan Bela Diri Jepang untuk membantu Gripen mengatasi masalahnya dalam terbang.
Kemudian bergabung dengan Eagle, F-15J-ANM yang riang, dan Phantom, RF-4EJ-ANM yang dibanggakan, skuadron mengangkat senjata, bertekad untuk melindungi umat manusia. Bersama-sama, kelima individu tersebut bertempur melawan invasi Zai, membentuk garis pertahanan terakhir melawan kekuatan alien yang mengancam.
