Handa-kun mengikuti kisah Sei Handa, seorang siswa SMA yang sangat populer, terutama di kalangan teman-teman sekelasnya. Namun, Handa memiliki pandangan yang salah tentang apa yang orang lain pikirkan tentangnya. Dia yakin bahwa semua orang membencinya dan menganggapnya aneh. Akibatnya, dia sering kali merasa terisolasi dan khawatir tentang interaksi sosial.
Namun, kenyataannya jauh dari pemahamannya. Sebenarnya, teman-teman sekelasnya sangat mengagumi dan menghormatinya. Mereka menganggapnya sebagai seorang seniman tulisan yang brilian dan kagum pada kepribadiannya yang unik. Meskipun Handa berusaha menjauhkan diri dari perhatian, situasi sering kali menjadi lucu karena mispersepsi Handa tentang dunia di sekitarnya.
