High School Fleet mengisahkan tentang dunia di mana sebagian besar permukaan bumi telah tenggelam akibat perubahan iklim yang drastis. Pada saat ini, kehidupan sebagian besar penduduk dunia bergantung pada armada kapal laut yang besar, yang berfungsi sebagai tempat tinggal dan sarana transportasi utama.
Cerita berfokus pada sekelompok gadis pelajar di Akademi Hukum Laut, yang merupakan sekolah khusus yang melatih siswa untuk menjadi anggota kru di kapal perang. Salah satu siswi bernama Akeno Misaki, yang memiliki impian besar untuk menjadi kapten kapal perang terbaik. Bersama dengan teman-temannya, mereka belajar navigasi, taktik perang, dan strategi di tengah situasi yang sulit dan ketegangan yang terus meningkat.
Namun, hidup mereka yang relatif tenang terganggu ketika mereka tanpa sengaja menemukan sebuah konspirasi yang melibatkan musuh-musuh rahasia yang mengancam keamanan armada dan keselamatan negara. Akeno dan teman-temannya harus menghadapi tantangan berbahaya dan menggabungkan kemampuan mereka untuk melawan musuh-musuh yang kuat dan bertahan dalam pertempuran yang penuh tekanan.
