Houseki no Kuni adalah anime fantasi yang berlatar di dunia yang dihuni oleh berbagai batu permata hidup. Mereka adalah entitas misterius yang dikenal sebagai “Houseki” atau “Batu Permata”. Mereka memiliki kekuatan unik dan tidak dapat mati, tetapi mereka juga rentan terhadap serangan dari makhluk jahat yang disebut “Tsukijin”.
Cerita ini mengikuti protagonis bernama Phosphophyllite, atau disebut “Phos” oleh teman-temannya. Phos adalah batu permata yang masih muda dan tidak berguna, memiliki kekerasan rendah dan tidak memiliki kemampuan tempur yang kuat. Meskipun begitu, Phos sangat ingin membantu teman-temannya yang terus berjuang melawan Tsukijin.
Suatu hari, Phos bertemu dengan batu permata tertua dan paling kuat di antara mereka, yaitu Diamond. Diamond meminta Phos untuk membantu mengumpulkan buku-buku yang berisi sejarah dan pengetahuan tentang batu permata. Phos melihat ini sebagai kesempatan untuk membuktikan dirinya dan menerima tugas tersebut dengan antusias.
Namun, perjalanan Phos untuk mencari buku-buku tersebut membawa mereka ke penemuan yang lebih besar. Mereka mengetahui bahwa Tsukijin memiliki motif yang lebih dalam daripada yang mereka bayangkan, dan ada rahasia yang tersembunyi di balik sifat tak terkalahkan mereka. Phos mulai memahami bahwa untuk melawan Tsukijin dan melindungi teman-temannya, mereka harus menggali lebih dalam tentang asal usul dan tujuan sejati Houseki.
Dalam perjalanannya, Phos bertemu dengan berbagai batu permata lainnya, masing-masing dengan kepribadian dan karakteristik unik. Mereka semua bekerja bersama untuk melawan ancaman yang semakin kuat dari Tsukijin dan mengungkap misteri di balik keberadaan mereka.
Houseki no Kuni adalah kisah tentang pertumbuhan, persahabatan, dan mencari arti sejati dalam dunia yang keras dan penuh dengan pertarungan yang tak terhindarkan. Phos harus menghadapi tantangan yang berat, termasuk perubahan diri, pengorbanan, dan pilihan yang sulit, dalam upayanya untuk melindungi orang-orang yang mereka cintai dan menjaga kedamaian di Houseki no Kuni.