Just Because! dimulai pada semester terakhir di sekolah menengah atas. Haruto, Erika, dan Akari menyadari bahwa mereka harus menghadapi perpisahan tak lama lagi. Di tengah-tengah suasana nostalgia dan haru, mereka bertekad untuk menciptakan kenangan yang tak terlupakan sebelum lulus.
Pada saat yang sama, Mia pindah ke sekolah mereka. Dia berusaha beradaptasi dengan lingkungan barunya, dan tak lama kemudian, dia bertemu dengan Haruto yang membuat hatinya berdebar. Kedekatan mereka tumbuh perlahan, tetapi Mia selalu tampak ragu untuk mengungkapkan perasaannya.
