Di sebuah kota futuristik yang bernama Sugomori City, sebuah proyek eksperimental dikenal sebagai “Kizna System” telah dikembangkan. Sistem ini menghubungkan perasaan fisik dan emosional antara individu yang disebut “Kiznaivers”. Tujuannya adalah untuk menciptakan pemahaman yang lebih mendalam tentang perasaan manusia dan menciptakan perdamaian di dunia.
Katsuhira Agata adalah protagonis cerita ini, seorang remaja yang tampaknya tidak memiliki kemampuan untuk merasakan rasa sakit fisik maupun emosional. Ia ditarik ke dalam proyek Kiznaiver bersama dengan sejumlah remaja lainnya, termasuk Chidori Takashiro, teman masa kecilnya yang menyukainya.
