Pada tahun 2016, sebuah portal misterius muncul di Gunung Tate, Jepang. Dari dalam portal ini muncul “Efidolg”, sebuah ras alien yang telah tertidur selama beribu-ribu tahun. Efidolg berusaha untuk menaklukkan Bumi, dan pertempuran besar pun meletus antara pasukan manusia dan pasukan Efidolg. Namun, manusia tidak memiliki kemampuan untuk melawan teknologi canggih Efidolg.
Di tengah-tengah kekacauan ini, seorang samurai misterius dari zaman Sengoku bernama Yukina Shirahane tanpa sengaja terhubung dengan kuil militer modern yang mengelola teknologi mecha canggih. Di dalam fasilitas tersebut, Yukina menemukan “Kuromukuro”, sebuah mecha kuno yang ternyata memiliki kekuatan luar biasa.
Yukina kemudian bermitra dengan Kennosuke Tokisada Ouma, samurai yang telah terjaga dari tidur panjangnya dalam Kuromukuro setelah berabad-abad. Bersama-sama, mereka bergabung dalam pertempuran melawan Efidolg dan melindungi Bumi. Sementara itu, hubungan mereka tumbuh dan mereka harus beradaptasi dengan perbedaan zaman dan budaya mereka yang ekstrem.
