Mikakunin de Shinkoukei mengisahkan tentang Kobeni Yonomori, seorang gadis SMA yang pada ulang tahun ke-16-nya tiba-tiba diinformasikan bahwa dia telah dijodohkan dengan seorang pemuda bernama Hakuya Mitsumine. Tidak hanya itu, dia juga diberitahu bahwa adik laki-laki Hakuya, Mashiro, akan tinggal bersama mereka. Kobeni yang awalnya kaget dengan situasi ini, secara perlahan mulai menerima kehadiran keluarga baru ini.
Namun, ada rahasia yang disembunyikan oleh keluarga Mitsumine. Mereka sebenarnya adalah makhluk supernatural yang memiliki kemampuan luar biasa. Mashiro memiliki kemampuan berbicara dengan hewan, sementara Hakuya memiliki kemampuan untuk mengontrol elemen alam. Kobeni kemudian terlibat dalam berbagai situasi komedi dan kejadian supernatural seiring dia berusaha memahami dan beradaptasi dengan keluarga barunya.
Seiring berjalannya waktu, perasaan Kobeni terhadap Hakuya tumbuh menjadi lebih dari sekadar perjodohan. Namun, dia juga memiliki teman sekelas bernama Benio Yonomori yang menyimpan perasaan khusus terhadap Hakuya, yang menyebabkan dinamika cinta segitiga yang lucu dan menggemaskan.
