Mitsuboshi Colors mengisahkan tentang tiga gadis kecil yang ceria dan bersemangat tinggi: Yui, Sacchan, dan Kotoha. Mereka tinggal di daerah pedesaan yang damai dan terkenal dengan keindahan alam serta kehidupan masyarakatnya yang harmonis. Namun, tiga bocah lucu ini memiliki hobi yang agak unik dan menarik — mereka adalah bagian dari “Colors”, kelompok yang beranggotakan tiga anak yang bertugas menjaga keamanan dan keindahan taman kota mereka.
Setiap hari, Yui, Sacchan, dan Kotoha berkumpul di taman dan menjalankan “tugas” mereka sebagai Colors. Tugas ini sebenarnya lebih kepada menjalani petualangan dan eksplorasi di sekitar kota. Meskipun terdengar sederhana, petualangan ini seringkali berubah menjadi situasi kocak dan tak terduga karena imajinasi liar mereka yang membara.
Yui, yang berambut pirang, adalah pemimpin grup yang penuh semangat. Dia memiliki sifat ceria dan cepat beradaptasi dengan situasi apapun. Sacchan, yang berambut cokelat, adalah otaku teknologi yang memiliki pengetahuan luas tentang gadget modern. Dia seringkali menyusun rencana rumit yang melibatkan perangkat canggih, meskipun akhirnya rencana tersebut selalu berakhir dengan kocak. Kotoha, yang berambut hitam, adalah yang paling bijaksana di antara mereka. Dia memiliki imajinasi yang kaya dan seringkali menjadi mediator saat Yui dan Sacchan bertengkar.