Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia yang berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna… setidaknya di permukaan. Namun, Shion—penduduk elit negara kota No. 6—mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat dia tinggal, berkat kesempatan bertemu dengan bocah misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari banyak orang yang tinggal di gurun terpencil di luar tembok utopia yang seharusnya. Tetapi meskipun mengetahui bahwa anak laki-laki lain adalah seorang buronan, Shion memutuskan untuk membawanya dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai terlihat.
Sekarang, lama setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan sekali lagi—mantan elit dan anak laki-laki dalam pelarian akan memulai petualangan yang, pada waktunya, akan mengungkapkan rahasia yang menghancurkan dari Nomor 6.
