Seikimatsu Occult Gakuin adalah anime yang mengisahkan petualangan seorang remaja bernama Maya Kumashiro di Akademi Okultisme Waldstein, sebuah sekolah misterius yang mengajarkan ilmu okultisme. Cerita ini berlatar belakang pada tahun 1999, di mana fenomena supranatural mulai muncul dan menimbulkan kekacauan di seluruh dunia.
Maya, seorang gadis yang cerdas dan memiliki naluri investigasi yang kuat, mewarisi posisi kepala sekolah dari ayahnya yang meninggal secara tiba-tiba. Meskipun awalnya enggan menerima tanggung jawab ini, Maya memutuskan untuk mengambil alih kepemimpinan akademi dan mengungkapkan kebenaran di balik fenomena okultisme yang terjadi.
Namun, perjalanan Maya tidaklah mudah. Dia harus menghadapi berbagai tantangan, termasuk misteri yang tersembunyi di dalam akademi, entitas supernatural yang menyeramkan, dan konspirasi yang melibatkan kekuatan gelap yang ingin menguasai dunia. Maya juga bertemu dengan seorang pria bernama Fumiaki Uchida, seorang guru tamu yang menyimpan rahasia sendiri. Bersama-sama, mereka berusaha mengungkap misteri yang terkait dengan kiamat yang akan datang dan menghentikan rencana jahat yang dapat menghancurkan dunia.
