Seikoku no Dragonar berlatar di dunia di mana manusia memiliki pasangan naga yang disebut “Draco”. Naga-naga ini dipilih oleh manusia saat mereka masih anak-anak, dan pasangan ini akan tetap bersama sepanjang hidup. Cerita mengikuti Ash Blake, seorang pemuda muda yang menghadiri Akademi Ansullivan, sebuah sekolah elit di mana murid-murid belajar untuk mengasah kemampuan mengendalikan naga mereka.
Namun, Ash memiliki masalah unik. Meskipun telah lama sejak dia memilih pasangan naga, naga miliknya belum pernah menetas dari telurnya, membuatnya dijuluki “Master of the Incompetent Dragonar.” Suatu hari, telur Ash akhirnya menetas, dan keluarlah seorang gadis cantik bernama Eco. Eco sebenarnya adalah manusia naga, suatu entitas yang langka dan dianggap sangat berbahaya.
Ash dan Eco pun menjadi pasangan naga yang tidak konvensional. Mereka harus menghadapi tantangan dan konflik di Akademi Ansullivan, termasuk persaingan dengan murid-murid lain, misteri mengenai asal-usul Eco, dan ancaman dari kekuatan gelap yang ingin mengendalikan kekuatan naga.
Dengan semangat untuk membuktikan kemampuan mereka dan melindungi satu sama lain, Ash dan Eco bersama-sama mengarungi petualangan di dunia yang penuh dengan naga, sihir, dan intrik sekolah.
