Magano, alam paralel yang dipenuhi monster yang dikenal sebagai “Kegare”, adalah tempat di mana para pengusir setan berurusan dengan semua ketidakmurnian. Benio Adashino adalah pengusir setan ajaib yang dikenal karena kekuatannya dan dipanggil ke Tokyo oleh Persatuan Pengusir Setan. Dalam perjalanannya, dia jatuh ke pelukan Rokuro Enmadou, seorang pengusir setan muda dengan masa lalu yang bermasalah.
Tapi ketidakmurnian Magano tidak berhenti. Saat kedua pengusir setan ini menyaksikan beberapa anak dicuri oleh Kegare, Benio bergegas menyelamatkan mereka, menyeret Rokuro bersamanya ke Magano. Terlibat dalam pertarungan dia hampir dikalahkan, Benio diselamatkan oleh Rokuro, mengungkapkan dirinya mampu menjadi saingannya dalam bakat.
Sousei no Onmyouji menceritakan kisah tentang dua pengusir setan berbakat yang ditakdirkan untuk menjadi “Pengusir Setan Bintang Kembar” dan orang tua Miko yang dinubuatkan—reinkarnasi dari Abe no Seimei—yang akan membersihkan dunia dari segala kotoran.
