Cerita mengikuti seorang profesor jenius bernama Souhei Saikawa dan mahasiswi pascasarjana Moe Nishinosono yang terjebak dalam situasi misterius setelah ditemukannya mayat di sebuah pulau terpencil. Mereka bekerja sama untuk memecahkan misteri ini dan mengungkap kebenaran di balik kasus ini.
Di fasilitas penelitian yang tersembunyi di pulau terpencil, programmer jenius Shiki Magata telah hidup sebagai pertapa selama bertahun-tahun. Dia jarang melihat tamu, tetapi profesor Souhei Saikawa dan mahasiswa Moe Nishinosono masih mencarinya. Namun, pertemuan mereka terputus ketika mereka terjebak dalam misteri pembunuhan di ruang tertutup.
Semuanya tidak seperti kelihatannya, dan banyak rahasia yang disembunyikan. Di dalam fasilitas yang terisolasi, kejahatan yang tampaknya mustahil dan mengerikan terjadi, dan Saikawa serta Moe harus mengungkap kebenaran di balik pembunuhan dan masa lalu Magata yang terselubung.
